Mr.匠在和吉澤通電話時,告訴他,京介是他的孩子,對他最重要的人現在在他手里,并命令吉澤讓京介來見他.而這時三九徹夜未歸,電話又打不通,所以三九的父母來到了秘密間諜部.這時他們才知道原來對京介最重要的人是三九.而京介又下落不明,于是多蘿西,來棲就在街上上演了一場鬧劇,逼京介現身......　　另一方面,三九在與Mr.匠的對話下知道了京介的真實身份......　　京介一行人找到Mr.匠的秘密小島，但是自衛隊卻因為馬上到來的臺風遲遲不肯答應幫助。京介、多蘿西、霧山三人登上小島之后，很快就被Mr.匠的人抓住并關在監獄里面。此時Mr.匠要求單獨見見京介，要求京介做一個雙面間諜。京介正在猶豫的時候，被押在這里的三九卻告訴京介一個關于整個世界的重大秘密。