列奧納多.達芬奇一個人跑在山上，卻意外遇上阿拉西姆，阿拉西姆告訴列奧納多.達芬奇是時候征服土耳其人了，慢慢地，他們起了爭執，列奧納多.達芬奇揮劍轉身時，阿拉西姆卻意外消失了。列奧納多.達芬奇來到某個地點，這個地點可以使他的裝置匯聚力量，他計劃把奧斯曼軍隊吸引到這里，然后收繳武器，假裝投降，把身上的盔甲脫下，然后利用風箏吸聚雷電，導入盔甲中，從而擊敗敵人，取得戰爭的勝利。盧奎齊婭成功帶領澤羅和索菲婭逃出囚籠，并計劃把列奧納多.達芬奇的裝置帶到鐘塔頂引雷，協助列奧納多.達芬奇他們去的戰爭的勝利。但在另一邊，列奧納多.達芬奇他們與奧斯曼軍隊的戰爭已經打響，佛拉德竟被他的弟弟殺死，列奧納多.達芬奇只能投降。時間緊急，盧奎齊婭冒著生命的危險，將裝置放飛到空中，期間，不幸被土耳其人發現，土耳其士兵放箭射傷了盧奎齊婭最后，因傷勢過重而亡。盧奎齊婭成功將裝置放飛空中，成功解救了列奧納多.達芬奇，成功拯救了意大利，然而，佛拉德意外地沒有死亡。洛倫佐.德.美蒂奇意圖殺死吉羅拉莫.利拉奧，將吉羅拉莫.利拉奧帶到民眾面前行刑，當即將行刑之際，迷宮的制造者出現了，激起民眾的民主意識，吉羅拉莫.利拉奧借機揭開洛倫佐.德.美蒂奇的真面目，重新獲得民眾的愛戴。最后，吉羅拉莫.利拉奧回到教堂，殺死了教皇西克斯特，坐上了教皇的位置。列奧納多達芬奇成功拯救了意大利，一切似乎在重新開始……