原自衛隊成員稻見朗(小栗旬 飾)與原公安搜查員田丸三郎(西島秀俊 飾)現在同屬于公安機動搜查隊特搜組，這是一支歸警察廳警備局長鍛冶大輝(長塚京三 飾)直接領導的秘密部隊。

在備受常識無法預測的案件威脅的現代社會，五個不同領域的人被召集起來，對事關國家安危的政治案件和恐怖行動進行秘密調查，從而成功化解危機。

這天，在高樓大廈環繞的廣場上，突然出現一個脖子上被綁了定時炸彈的男子，周圍民眾陷入恐慌中。這個叫宇田川圭介的男子是現任外務大臣之子，曾卷入毒品、蓄意傷人、強奸等數樁罪行中，但是他的父親利用手中權力使他免于懲罰。

放爆炸物的犯人要求外務大臣在晚上的新聞節目上公開謝罪，否則就當場處死圭介。收到鍛冶的命令后，稻見、田丸和勇輔、大山鈴等特別小組成員趕到現場。雖然很反感仗勢欺人的圭介，但是他們仍在組長吉永三成(田中哲司 飾)的指揮下采取行動試圖阻止犯人。

CRISIS公安機動搜查隊特搜組劇照

離犯人要求的公開謝罪時間越來越近了。稻見與田丸找到一個掌握案件關鍵的人物，從那人口中聽說了令人震驚的事實。而且，稻見對于這起犯罪案件也產生了疑問。