機密單位301研究所研發的新型深潛器在三島市下水試驗，實驗過程連續遭遇泄密事件。三島市國安局接到任務，60天內偵破此案。“壞小子”洪少秋(靳東 飾)和“女漢子”葉焓成立專案組，開始了跟敵人的博弈。辦案過程屢屢遭遇意想不到的阻礙，洪少秋和葉焓也因彼此性格、做事方法的迥異而矛盾重重。專案組剛剛成立的第二天，就被D國“間諜王”比目魚逼入絕境，斷掉了一切線索。洪少秋把偵破視角轉到了一個把他從小養大的地方---301研究所。在經過了情感與理智的搏斗之后，終于抓出了內鬼，同時，也收獲了葉焓的信任。一個葉焓的“運用人”高一天意外出現，給整個偵破帶來意想不到的轉機，而就在一切都向著光明推進之際，終于發現了隱藏在最深處的“那雙眼睛”。